将念珠展开，右手四指下托，念佛或持咒时，从母珠(最大的那一粒)旁的第一珠起，母指下掐，一句一珠，或一咒一珠，掐珠到母时，即刻由左向内转过头来，再从母恭旁的第一珠掐起，千万不要跨越或直掐而过母珠。经云：“不应越母珠，蓦过越法罪。”“因绳线表观音，母珠表弥陀也。”

另外，有些经典中，对于掐珠的方法，也有不同的记载。

《摄真实经》中对执持念珠的方法是这样的：

佛部：应用右手母指与头指(食指也)掐之。

金刚部：应用右手母指与无名指掐之。

莲花部：应用右手母指与四指掐之。

羯磨部：应用右手母指与四指掐之。

《苏悉地经》的记载是只有胎藏界三部：

佛部：右手大指与无名指之头相合，中指与小指直立，头(食)指少屈，附于中指中节以掐之。

莲花部：合大指与中指之头。余指皆舒而掐之。

金刚部：合大指与食指之头，余皆舒而掐之。

《军荼利仪轨》云：以右手大指捻头指，当心拨珠，余三指散直(这是佛部的“说法印”，亦名“持名印”，这里则为“念诵印”。)左手引珠，右手持珠，如转法轮状。

《无量寿仪轨》云：二手当心，各聚五指，如未敷莲花左手持念珠，以右手大指无名指移珠，诵至最后一字移一珠。